補助金と助成金は併用できる？中小企業が知っておきたい活用方法と注意点

中小企業や個人事業主にとって、事業を成長させるための資金確保は常に大きな課題です。そんな中で注目されるのが「補助金」や「助成金」といった公的支援制度。
しかし、「補助金と助成金は併用できるのか？」「同時に活用すると不正受給にならないか？」といった疑問を抱く経営者は少なくありません。

特に新事業に挑戦する際には、設備投資や人材確保といった多方面で資金が必要となり、複数の制度をうまく組み合わせて使えるかどうかが成功の鍵を握ります。
本記事では、補助金と助成金の違いから、併用の可否、実際の事例、そして注意点までわかりやすく解説します。

補助金と助成金を正しく理解し、上手に活用することで、資金繰りの不安を大きく軽減できます。

監修: 駒田 裕次郎（こまだ ゆうじろう）

駒田会計事務所 【コマサポ】代表

【来歴】大手監査法人の経験を活かし、創業支援・補助金支援を中心とする「駒田会計事務所」を東京・渋谷に設立。資金調達や事業計画の作成、税務や経営相談まで顧客に寄り添うきめ細やかなサポートを提供。

【実績】創業融資・補助金の支援実績は、累計3,000件以上（2025年1月末現在）

【所有資格】公認会計士・税理士・認定支援機関

「一人ひとりの起業家の成功を願い、日本の未来を明るくする」をモットーに、日々奔走。

補助金と助成金の違いとは？

企業の資金調達方法としてよく耳にする「補助金」と「助成金」。
どちらも国や自治体などが交付する公的支援制度ですが、その仕組みや特徴には大きな違いがあります。
ここではまず、両者の基本的な性質を整理してみましょう。

補助金の特徴

• 競争的な審査がある
  補助金は「予算枠」が決まっており、申請しても必ず採択されるわけではありません。提出した事業計画が審査され、採択基準を満たした企業だけが交付対象となります。

• 対象は新規事業や設備投資が中心
  新市場への進出や生産性向上につながる投資など、成長性や波及効果のある事業が評価されやすいのが特徴です。

• 支給は後払い（精算払い）
  まずは自己資金や融資で支出を行い、その後に補助金が支給されます。そのため資金繰り計画が重要となります。

助成金の特徴

• 要件を満たせば原則受給可能
  助成金は予算の範囲内であれば、条件を満たした事業者が申請すれば原則受給できます。補助金のように採択率を気にする必要はあまりありません。

• 雇用や人材育成に関するものが中心
  代表的なのは「キャリアアップ助成金」や「雇用調整助成金」など、従業員の雇用環境改善や働き方改革に関連した制度です。

• 申請と実施の順序が明確
  多くの助成金は「制度に沿った就業規則の整備」「労働条件の改善」などが要件となり、取り組みが確認できれば支給されます。

補助金と助成金の違いを整理

補助金と助成金は併用できるのか？

「補助金と助成金を同時に使えたら、資金調達の幅が広がるのでは？」と考える経営者は多いでしょう。結論から言うと、条件を満たせば併用は可能です。
ただし、すべてのケースで認められるわけではなく、制度ごとのルールを正しく理解する必要があります。

同一経費への二重受給は不可

最も注意すべきは、同じ経費を対象に補助金と助成金を同時に使うことはできないという点です。
例えば、新事業進出補助金で設備投資費を申請しているのに、その同じ設備に対して助成金を申請することは二重取りにあたり、不正受給とみなされます。これは法律上も厳しく制限されています。

異なる経費区分なら併用可能

一方で、異なる費用区分であれば併用は可能です。例えば以下のようなケースが考えられます。

• 新事業進出補助金で「新しいフィットネスジムの設備導入費」を申請

• キャリアアップ助成金で「新規採用したスタッフの処遇改善」を申請

このように、事業拡大のための「設備投資」と、雇用環境の改善に関する「人件費支援」は対象が異なるため、両立が認められるのです。

実際の併用事例

実務上も、補助金と助成金を組み合わせて活用している企業は数多くあります。

• 飲食店の新規出店：店舗改装や厨房機器は補助金でカバーし、従業員の正規雇用転換は助成金で支援

• ITサービス企業の拡大：システム導入や開発環境整備は補助金で申請し、人材育成研修費用は助成金を活用

このように、制度の趣旨を正しく理解すれば、補助金と助成金の「いいとこ取り」をすることが可能です。

補助金と助成金を併用するメリット・デメリット

補助金と助成金をうまく組み合わせることで、資金調達の幅が広がります。
しかし、その一方で手続きや管理の負担が増えるといったデメリットも存在します。
ここでは、併用の利点と注意点を整理してみましょう。

メリット1　資金調達力が大幅に強化される

補助金と助成金を併用する最大のメリットは、事業に投入できる資金を大きく増やせることです。
例えば、新規店舗の設備投資を補助金で支援しつつ、人材採用や教育費用を助成金でカバーできれば、自己資金の負担を軽減しながら事業拡大を実現できます。
結果として、資金繰りに余裕が生まれ、リスクを抑えながら挑戦が可能になります。

メリット2　事業の安定性が高まる

補助金は挑戦的な投資を後押しする仕組みですが、採択率があるため不安定な側面もあります。
そこで助成金を組み合わせれば、採択を待たずに確実に得られる支援を確保できるため、資金面の安定性が増します。
安定的な事業運営を行うことができます。

デメリット1　申請・管理の手間が増える

併用する場合、制度ごとに申請書類や報告義務が発生するため、管理が複雑化します。
「補助金は経済産業省系」「助成金は厚生労働省系」といったように管轄が異なることも多く、スケジュール調整や書類作成の負担が経営者に重くのしかかります。

デメリット2　不正受給と誤解されるリスク

経費区分の整理が不十分なまま併用すると、「二重取り」とみなされ、不正受給の疑いをかけられる可能性があります。
意図的でなくても返還を命じられるケースもあり、企業の信用低下にもつながりかねません。

まとめると

• メリット：資金調達の幅拡大、資金繰りの安定化

• デメリット：申請・管理コスト増加、不正受給リスク

このように、併用は非常に有効ですが、正しく設計・管理することが前提となります。ここで重要なのが、制度に精通した専門家のサポートを受けることです。

補助金と助成金を併用する際の注意点

補助金と助成金は、制度の目的が異なるためうまく組み合わせれば大きなメリットがあります。しかし、使い方を誤ると「二重取り」とみなされ、不採択や返還命令といったリスクに直結します。
ここでは、併用を検討する際に押さえておくべき注意点を整理します。

H3：同一経費への併用はNG

最も大切なのは、同じ経費に対して複数の制度を適用しないことです。
例：

• 補助金で「設備購入費」として申請

• 助成金で同じ設備を「生産性向上のための経費」として申請

このようなケースは二重受給となり、不正受給とみなされる可能性が高くなります。

H3：経費区分を明確にする

併用を行う場合は、どの経費を補助金で、どの経費を助成金で申請するのかを明確に区分する必要があります。

• 設備投資やシステム導入 → 補助金

• 人材育成や処遇改善 → 助成金

このように、費用ごとに制度を分けることが安全な併用の基本です。

H3：スケジュール管理に注意

補助金と助成金では、申請時期・報告時期・支給時期が異なります。

• 補助金：公募期間が限られ、審査・採択を経て支給（後払い）

• 助成金：制度によっては随時受付、要件を満たせば支給

申請や実績報告が重なると、書類の準備に追われるだけでなく、提出漏れや期限切れによる失敗リスクも高まります。

H3：証憑管理を徹底する

補助金も助成金も、領収書や契約書などの証憑が必須です。経費区分が混同していると、審査で「不適切」と判断される可能性があります。

• 領収書ごとに「補助金対象」「助成金対象」とマークを付ける

• 会計ソフトやエクセルで仕訳を分けて記録する

こうした証拠管理を徹底することが、併用のリスク回避につながります。

H2：まとめ

今回は「補助金と助成金の併用」について解説してきました。ポイントは下記の通りです。

• 補助金は新事業や設備投資を支援する競争的な制度、助成金は雇用や人材育成を支援する制度

• 同一経費への二重申請は不可だが、経費区分を分ければ併用は可能

• 併用によって資金調達の幅が広がり、事業の安定性も高まる

• 一方で、申請や管理の手間が増え、不正受給リスクもあるため注意が必要

• 専門家に相談することで、最適な制度選びと安全な併用が実現できる

補助金・助成金を正しく組み合わせることで、資金繰りの不安を減らし、新しい挑戦を安心して進めることができます。併用をお考えの方は、ぜひ一度駒田会計事務所までご相談ください。

まずは無料相談から始めてみませんか？

「自分の事業が補助対象になるか分からない」「どのように申請すればいいか不安」という方も、まずはお気軽にご相談ください。
駒田会計事務所では、初回無料相談を通じて、事業内容やビジョンに合った補助金の活用方法をご提案しています。