補助金のメリット・デメリット徹底解説！失敗しない活用法

新しい設備投資や事業拡大を考えているとき、「補助金を使えば資金の負担が減るかもしれない」と一度は考えたことがある経営者の方も多いのではないでしょうか。
しかし同時に、「申請が難しそう」「もし採択されなかったら…」という不安から、一歩踏み出せずにいる方も少なくありません。

実際、補助金には大きなメリットがある一方で、見落とすと後悔につながるデメリットも存在します。
だからこそ、補助金のメリット・デメリットを正しく理解することが、失敗を防ぎ、最大限の効果を得るための第一歩です。

本記事では、補助金を検討している事業者が知っておくべきポイントを、わかりやすく整理してお伝えします。

監修: 駒田 裕次郎（こまだ ゆうじろう）

駒田会計事務所 【コマサポ】代表

【来歴】大手監査法人の経験を活かし、創業支援・補助金支援を中心とする「駒田会計事務所」を東京・渋谷に設立。資金調達や事業計画の作成、税務や経営相談まで顧客に寄り添うきめ細やかなサポートを提供。

【実績】創業融資・補助金の支援実績は、累計3,000件以上（2025年1月末現在）

【所有資格】公認会計士・税理士・認定支援機関

「一人ひとりの起業家の成功を願い、日本の未来を明るくする」をモットーに、日々奔走。

補助金とは？基本概要

補助金とは、国や自治体が特定の事業活動を支援するために交付する資金で、返済の必要がないのが大きな特徴です。
経営者にとっては資金負担を軽減し、事業を加速させるチャンスとなる一方で、後述するようにデメリットも存在します。
そのため、補助金のメリット・デメリットを正しく理解した上で活用を検討することが重要です。

補助金と助成金・融資の違い

• 補助金
  公募期間や採択枠が定められ、審査を通過した事業者だけが受け取れる資金。後払い方式が多く、実施後に報告書や証憑提出が必要です。

• 助成金
  条件を満たせば原則受け取れる資金。雇用関係の改善や人材育成を目的とするものが多く、補助金ほど競争性は高くありません。

• 融資
  金融機関などから借り入れる資金で、必ず返済が必要。補助金や助成金と違い、資金の使途や審査基準が異なります。

参考記事：補助金・交付金・助成金の違いを徹底解説！中小企業経営者が知っておくべきポイント

主な補助金の種類

現在、中小企業や個人事業主が利用できる代表的な補助金には以下があります。

主な補助金の種類

現在、中小企業や個人事業主が利用できる代表的な補助金をまとめました。概要や補助上限金額、補助率、対象事業者の特徴を確認して、自社に合った制度を選びましょう。

※公募回によって変わります。

補助金の一般的な流れ

補助金活用は以下のステップで進みます。

1. 公募開始 – 補助金の募集要項や条件が公開されます

2. 申請 – 事業計画書や必要書類を作成・提出

3. 審査 – 事業の実現性・効果などを評価

4. 採択 – 採択結果が発表され、交付決定通知が届く

5. 事業実施・実績報告 – 計画通り事業を進め、経費や成果を報告

6. 入金 – 実績報告が承認されると補助金が振り込まれる

この流れを見るとわかるように、補助金は単に「お金がもらえる制度」ではなく、事業計画の作成から実績報告まで、一定の手間と期間を要します。
そのため、メリットだけでなくデメリットも理解して取り組むことが、成功のカギとなります。

補助金のメリット

補助金を上手に活用することで、事業の成長スピードを加速させることが可能です。ここでは、経営者にとって特に大きなメリットを3つに分けて解説します。

資金負担の軽減

補助金の最大の魅力は、自己負担額を大幅に減らせる点です。
多くの制度では、補助率が1/2や2/3に設定されており、上限額も数百万円から数千万円にのぼります。
例えば、補助率1/2・上限1,000万円の補助金であれば、2,000万円の設備投資を半額の自己資金で実現できます。

これにより、手元資金を温存しながら設備導入や新規事業に挑戦でき、資金繰りの負担を軽減できます。
特に、これまで資金面で断念していたプロジェクトを実現できる可能性が高まります。

事業拡大や競争力強化の後押し

補助金は、新市場への進出や新商品の開発を加速させます。
例えば「新事業進出補助金」では、新しい業種や地域への参入を支援するため、高額な設備投資やマーケティング費用も対象となります。

資金面のハードルが下がることで、これまで競合に先を越されていた分野へスピーディーに参入でき、競争力強化につながります。
また、新しい取り組みによって売上の柱を増やし、経営の安定化を図ることも可能です。

信頼性やブランド価値の向上

補助金の採択実績は、企業の信頼性を高める証明書のような役割を果たします。
審査を通過した事業計画は、第三者から「実現性が高く、社会的意義がある」と認められた証拠です。

この実績は、取引先や顧客からの信用向上はもちろん、金融機関の融資審査でもプラスに働くことがあります。
また、プレスリリースや営業資料に採択実績を掲載すれば、ブランド価値の向上にもつながります。

事業計画作成を通じた経営の整理

補助金申請では、事業計画書の作成が必須です。
この過程は単なる書類作成ではなく、自社の強み・弱み、市場環境、将来の方向性をじっくり分析する貴重な機会になります。

第三者に事業の価値を説明するためには、数値や根拠を明確にし、論理的に整理する必要があります。これが経営者にとっての“壁打ち”となり、「なぜこの事業をやるのか」「本当に利益を出せるのか」「競合との差別化は何か」といった根本的な問いに向き合うことができます。

結果として、たとえ採択されなかったとしても、経営戦略の精度が上がり、今後の事業判断がより的確になるという副次的なメリットがあります。

補助金のデメリット

補助金は魅力的な資金調達手段ですが、メリットだけを見て飛びつくのは危険です。
活用の前に知っておくべきデメリットを理解しておくことで、後悔やトラブルを避けられます。

申請書類作成の負担

補助金申請には、事業計画書や見積書、証明書類など、多くの書類が必要です。
特に事業計画書は「市場分析」「収益計画」「付加価値額の根拠」などを詳細に記載する必要があり、慣れていないと膨大な時間と労力がかかります。

経営者自身の作業負担だけでなく、スタッフや外部専門家の協力も必要になるケースが多く、結果的にコストが発生することもあります。

採択されないリスク

補助金は申請すれば必ず受け取れるものではありません。
採択率は制度や回によって異なりますが、人気の補助金では30％未満に落ち込むこともあります。
事業再構築補助金では最終公募近くになると採択率は20%台まで落ち込んでいます。

つまり、時間と労力をかけて申請しても不採択となれば、その作業は直接的な成果につながりません。
特に「補助金ありき」の事業計画は、このリスクを受けやすくなります。

資金繰りのタイムラグ

多くの補助金は後払い方式です。
まずは自己資金や借入で事業を実施し、実績報告が承認された後に補助金が振り込まれます。
実施から入金まで半年以上かかることもあり、その間の資金繰りをどう乗り切るかが大きな課題です。

事業計画の制約

補助金が交付されると、事業内容や予算配分に制約がかかります。
申請時の計画から大きく変更する場合は事務局の承認が必要となり、自由な経営判断がしづらくなることがあります。

さらに、採択後に計画が未達成の場合や報告義務を怠った場合、補助金の返還を求められるリスクもあります。

精神的な負担

補助金の申請から実績報告までのプロセスは長期にわたり、審査や書類のやり取りで精神的な負担を感じる経営者も少なくありません。
特に初めて補助金を活用する場合は、不明点や追加提出依頼が続くことで本業に集中できなくなるリスクがあります。

補助金のメリット・デメリット比較表

補助金 メリット デメリット を一覧で比較できる表です。自社の状況に照らして判断材料にしてください。

メリットを活かし、デメリットを避けるためのポイント

事前の資金計画

補助金は後払いが基本です。「採択＝すぐ入金」ではない点を前提に、以下を整えておきましょう。

• 立替資金の確保：自己資金／短期融資（つなぎ資金）の目処を事前に。入金まで3〜6か月想定でキャッシュフロー表を作成。

• 支払サイトの把握：発注〜納品〜検収〜支払のタイミングを、取引先と合意形成。

• 対象経費の線引き：対象／不対象のグレーゾーンを潰し、**証憑（見積・契約・納品・支払）**の収集ルールを明確化。

ポイント：資金繰り表は「補助金あり／なし」の2パターンで作り、最悪ケース（不採択・納期遅延）でも事業が回るかを確認。

採択率を高める事業計画作成のコツ

審査は「政策適合性×実現性×波及効果×新規性」で見られます。読み手（審査員）中心設計で作り込みましょう。

• 結論ファースト（PREP）：先に「課題→解決→効果」を提示。数値根拠（市場規模、単価、CVR、LTV、KPIの月次推移）を添える。

• 差別化の明示：競合比較表で「機能・価格・UX・チャネル・運用体制」の優位性を一覧化。

• 政策との整合：新市場進出、省力化、生産性向上、賃上げ・付加価値額の伸長など、要件に直結する成果指標を記載。

• 実行可能性の担保：WBS（工程表）、体制図、外部パートナーの役割、リスクと回避策、代替案（Plan B）を明記。

• 証憑準備：相見積の取り方、関連当事者取引の回避、見積条件の統一（仕様・数量・税抜／税込）を徹底。

コツ：“第三者が読んで再現できるか”**を基準に、図表・フロー図・数表で可視化。冗長説明より「1枚の図」。

専門家との連携の重要性

補助金は制度解釈・証憑運用・進行管理が勝負です。

• 制度選定の目利き：同じ投資でも、制度が変われば採択率・対象経費・上限が大きく変わります。

• 計画書の磨き込み：市場・財務のストーリーとKPI設計、採点観点への“当て込み”は専門家の経験値が効きます。

• 採択後の運用：変更申請、実績報告、監査対応まで伴走できる体制があると、返還リスクを下げられます。

 駒田会計事務所の補助金申請サポート

サポート内容（制度選定、事業計画書作成、採択後のフォロー）

• 制度選定／戦略設計：新事業進出補助金、省力化投資補助金、ものづくり補助金、IT導入補助金、小規模事業者持続化補助金などから最適制度を提案。

• 事業計画書作成支援：市場分析、差別化戦略、収益計画（付加価値額・賃上げ含む）、KPI、WBS、リスク対策を採点基準に沿って作り込み。

• 採択後の伴走：変更申請、実績報告、モニタリング、監査対応までワンストップでフォロー。

全国対応可能、オンライン相談可

• 全国対応：オンライン打合せで迅速に伴走。地方都市の事業者様も安心してご利用いただけます。

• 初回ヒアリング無料：投資計画やスケジュールを伺い、「申請する／見送る」の意思決定を3営業日内の方針メモで支援します。

まずは無料相談から始めてみませんか？

「自分の事業が補助対象になるか分からない」「どのように申請すればいいか不安」という方も、まずはお気軽にご相談ください。
駒田会計事務所では、初回無料相談を通じて、事業内容やビジョンに合った補助金の活用方法をご提案しています。