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補助金申請でありがちなミス7選|差し戻しを防ぐ具体的対策とは?

補助金申請でありがちなミス7選|差し戻しを防ぐ具体的対策とは?

中小企業や個人事業主にとって、補助金は事業成長の大きな後押しとなる制度です。
しかしながら、「書類の不備で差し戻しになった」「申請したのに不採択だった」という声も少なくありません。

特に、「新事業進出補助金」「中小企業省力化投資補助金」「小規模事業者持続化補助金」など、人気のある補助金では、些細なミスが命取りになることも

本記事では、補助金申請で実際によくある差し戻し・不採択の原因と、その防ぎ方について詳しく解説します。

この記事でわかること

✅ 補助金申請でよくあるミスと見落としがちなポイント
✅ 見積書の有効期限切れや相見積り不足などの具体例
✅ 入力ミスや数字の不整合で差し戻しになるケース
✅ 提出資料の不足で不備になる事例と対応策
✅ 駒田会計事務所による申請チェックの重要性とメリット

駒田裕次郎

監修: 駒田 裕次郎(こまだ ゆうじろう)

駒田会計事務所 【コマサポ】代表

【来歴】大手監査法人の経験を活かし、創業支援・補助金支援を中心とする「駒田会計事務所」を東京・渋谷に設立。資金調達や事業計画の作成、税務や経営相談まで顧客に寄り添うきめ細やかなサポートを提供。

【実績】創業融資・補助金の支援実績は、累計3,000件以上(2025年1月末現在)

【所有資格】公認会計士・税理士・認定支援機関

「一人ひとりの起業家の成功を願い、日本の未来を明るくする」をモットーに、日々奔走。

補助金申請でよくあるミス7選

新事業進出補助金やものづくり補助金など補助金全般でよくあるミスについて紹介していきます。

1. 書類の不備(差し戻しの最も多い原因)

補助金申請において最も多いミスが書類の不備です。
これにより申請が「差し戻し」となり、スケジュールが遅れたり、最悪の場合は不採択となることもあります。

よくある不備の例は以下のとおりです:

  • 見積書の有効期限切れ(発行から3ヶ月以上経過など)

  • 相見積りが1社分しかなく、2〜3社分が求められるケースに該当していない

  • 提出様式のフォーマットが最新版でない

  • 押印漏れや電子署名の不備

対策:
・見積書は最新のものを用意し、相見積もりが必要な経費には必ず複数社分を添付
・公募要領に基づく最新版の様式を確認・使用することが重要

2. 入力のミス(数値や日付の不整合)

補助金の申請書類では、数字や日付の記載ミスが思わぬ落とし穴になります。

  • 事業計画書の記載と、経費明細の予算額が一致していない

  • プロジェクトの期間が交付決定前に開始している

  • 日付の整合性が取れていない(契約日、発注日、納品日など)

また、以下のような漠然とした表現や定量的根拠がない記載もマイナス評価になります。

  • 「売上を拡大したい」だけで、その手段や数値目標が示されていない

  • 「〇〇に強化を図る」など曖昧な記述が続く

対策:
・全ての項目について「数値」「日付」「事実」に基づいて記載
・書類間の整合性を複数人でクロスチェックするのが有効です

3. 提出資料の不足(提出忘れや添付漏れ)

補助金申請時に必要な資料が1つでも欠けていれば差し戻しの対象となります。

代表的な不足資料の例:

  • 資金繰り表や収支予算計画書が未提出

  • 実施体制を示す資料(組織図や外注契約書など)

  • 商品購入後の領収書や証憑写真が揃っていない

  • 交付申請時に必要な宣誓書・チェックリストの添付漏れ

対策:
・公募要領に沿った提出書類一覧を事前にリスト化し、抜けなく揃える
・チェックリスト形式で進行し、複数人で「ダブルチェック」することが効果的です

4. 事業計画の整合性がない

「やりたいこと」と「補助対象経費」に整合性がないと判断された場合、審査でマイナス評価となります。

  • 「売上拡大」と言いつつ、広告費や人件費が過剰

  • 新事業と既存事業の差別性があいまい

対策:
目的(課題)→解決策(投資内容)→期待効果という論理的なつながりを意識することが大切です。

5. 経費の使い方が補助要件に合っていない

補助金は何にでも使えるわけではありません。以下のような経費は対象外とされることが多いです。

  • 社長の役員報酬

  • 商品の仕入費用(在庫)

  • 宣伝広告費の一部(交際費含む)

特に注意が必要なのは、「建物費」や「中古設備」の扱いです。
例えば新事業進出補助金では、条件付きで建物費が対象ですが、基準を満たさなければ全額不採択となる恐れも。
ミスが多くなりやすい経費なので、しっかりと確認する必要があります。

6. 申請内容が抽象的すぎる

「新しいことを始めます」「販路を広げたいです」だけでは説得力がありません

審査員は数百件の応募に目を通します。具体的な数字・根拠・市場調査データが必要です。

対策:

  • 売上目標やKPIを数値で明記

  • 類似事業の比較や差別化要因を記載

  • 顧客のニーズに基づいた改善点を提示

7. スケジュール管理のミス

  • 申請締切ギリギリにGビズIDを申請して間に合わない

  • 補助事業の実施期間を超えて経費を支出してしまう

など、時間管理に関するミスも意外と多く見受けられます。
特に締切間近になるとサイトが重くなりやすい傾向にありますので、遅くても申請締め切り前日までには提出するようにしましょう。

対策:

  • 補助金の申請準備は「締切の1か月前」には開始

  • 補助金スケジュール(交付決定→事業実施→実績報告)をカレンダーに記録

差し戻し・不採択になったときの対処法

補助金申請は、準備に膨大な労力と時間がかかるため、「差し戻し」や「不採択」の通知を受けたときのショックは非常に大きいものです。ですが、そこで諦めるのは早すぎます。差し戻しや不採択になった場合も、正しい対処をすることで次回の採択率を大きく高めることができます。

ここでは、不採択後にやるべき3つのステップを具体的に紹介します。

① 不採択理由を必ず事務局に問い合わせる

多くの補助金制度では、不採択理由を開示してくれないこともありますが、「事業再構築補助金」など一部制度では、電話で問い合わせることで不採択の理由を教えてもらえる場合があります。

事務局では、以下のような内容を教えてくれるケースがあります:

  • 書類の不備や添付漏れ

  • 審査項目における評価不足(例:事業再構築要件の弱さ)

  • 加点項目の未対応や書類の説得力不足

問い合わせで得た情報をもとに、次回の申請内容を改善することが重要です。

② 要件や必要書類を再確認する

不採択理由の中でも意外に多いのが「形式面での要件不備」や「提出書類の不足」です。

たとえば、事業再構築補助金の第1回申請では、通常枠で約15〜16%の申請者が要件不備や書類不足で“審査対象にすら上がれなかった”というデータもあります。

申請する補助金の公募要領を最初から最後まで読み込むことが大前提です。特に以下の項目はしっかりチェックしましょう:

  • 経費ごとの見積書と相見積り

  • 収支計画書、資金繰り表、スケジュール表

  • チェックリストの確認

形式要件を満たさない限り、いくら事業内容が素晴らしくても採択されません。

③ 採択事例の事業計画書を研究する

補助金の多くでは採択された事業計画書の概要が公開されています

特に、自社と類似する業種や業態の採択事例を読むことで、

  • どのような切り口で事業を構成しているか

  • どのように「再構築性」「革新性」を訴えているか

  • 市場ニーズとのつながりや定量的目標の書き方

など、多くのヒントが得られます。

まとめ

今回は、補助金申請において多くの事業者が陥りやすい差し戻し・不採択の原因とその対策について解説してきました。
特に「新事業進出補助金」「中小企業省力化投資補助金」「小規模事業者持続化補助金」などは人気も高く、少しの不備や記載ミスが大きな結果の差につながるため、細部まで丁寧に確認することが求められます。

ポイントは下記の通りです。

  • 書類の不備や入力ミスは差し戻しの最も多い原因。見積書や申請様式、相見積りの準備を徹底しましょう

  • 事業計画と経費の整合性が重要。数字や表現は具体的・定量的に

  • 提出書類の不足やチェック漏れを防ぐには、事前のリスト化とダブルチェックが有効

  • 不採択時は事務局に理由を問い合わせ、次回の改善につなげるのが成功への近道

  • 採択事例の研究や認定支援機関の見直しも再挑戦の大きな助けになります

駒田会計事務所では、これまで多くの補助金申請に関わり、高い採択率と丁寧な書類サポートで全国の中小企業・個人事業主の皆さまを支援してきました。
初めての申請や過去に不採択となった方も、ぜひ一度ご相談ください。あなたの事業に最適な補助金選びから、書類作成・提出・実績報告まで、ワンストップでサポートいたします。

まずは無料相談から始めてみませんか?

「自分の事業が補助対象になるか分からない」「どのように申請すればいいか不安」という方も、まずはお気軽にご相談ください。
駒田会計事務所では、初回無料相談を通じて、事業内容やビジョンに合った補助金の活用方法をご提案しています。

✅ 駒田会計事務所では、補助金申請のご相談を全国対応で承っております (監修:公認会計士 駒田裕次郎|プロフィールを見る
  • 採択実績300件以上:ものづくり補助金・事業再構築補助金等
  • 「新事業進出補助金」にもいち早く対応し、各業種で申請支援中
  • 公認会計士が直接対応:制度に詳しい専門家が丁寧にサポート
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