「補助金は税金がかからないと思っていたけど…申告漏れになるの？」
「“非課税”と“不課税”って、どう違うの？」
中小企業経営者や経理担当の方にとって、補助金を受け取ったあとの税務処理の判断はとても重要です。本記事では、補助金の課税・非課税・不課税の違いを税務上の観点から解説し、誤解しやすい処理や注意点を実例つきでわかりやすく紹介します。
✅ 補助金の「課税」「非課税」「不課税」の違いと正しい意味
✅ 課税対象となる補助金の具体例と税務上の根拠
✅ 法律で非課税とされる給付金の具体例
✅ 仕訳や収益計上のタイミング、消費税処理の実務ルール
✅ 誤った処理による税務リスクと、専門家に相談すべき理由
Contents
補助金は原則「課税対象」になる
補助金を受け取った際、「これは税金がかからないのでは？」と思われる方は少なくありません。
しかし実際には、多くの補助金は税務上「課税対象」となります。
課税の対象かどうかを判断するには、その補助金がどのような目的で支給され、どの法律に基づいているかが重要です。
法人・個人事業主の区分に関わらず原則課税
補助金が課税されるかどうかは、「法人か個人か」によって変わるものではありません。
法人であれば法人税の「益金」、個人事業主であれば所得税の「総収入金額（事業所得等）」に含めて申告する必要があります。
たとえば、事業再構築補助金やものづくり補助金、小規模事業者持続化補助金などの経済産業省系補助金は、いずれも収益として扱われ、法人では「雑収入」などの勘定科目で計上されるのが一般的です。
個人事業主の場合は「事業所得の収入」として確定申告に反映されます。
課税となる理由と根拠（益金、事業所得）
税務上、補助金が課税される根拠は以下の通りです。
法人の場合：法人税法上の「益金」に該当
法人税法第22条では、法人の各事業年度の所得の金額は、「益金の額から損金の額を控除した金額」と定められています。この「益金」には、通常の売上以外に、補助金・助成金等による収入も含まれます（法人税法22条第2項）。
たとえば、ものづくり補助金を500万円受け取った場合、その金額は収益（益金）として法人税の課税対象になります。
（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）e-Gov 法令検索）
個人の場合：所得税法上の「総収入金額」に該当
個人事業主の場合、所得税法第27条に基づき、事業所得は「総収入金額」から必要経費を差し引いた金額で計算されます。この総収入金額には、補助金・助成金などの受取も当然に含まれます。
つまり、補助金を受け取ったら、原則として「収入」として申告しなければならないのです。
（所得税法（昭和四十年法律第三十四号）e-Gov 法令検索）
「補助金＝非課税」は誤解なので注意
「補助金だから税金はかからない」「支援金だから税務署に申告しなくていい」というのは、よくある誤解です。
実際には、法律で「非課税」と明確に定められている給付金のみが例外で、それ以外はすべて課税対象と考えるのが原則です。たとえば以下のようなケースでは課税されます。
事業再構築補助金 → 課税対象
雇用調整助成金 → 課税対象
持続化給付金（コロナ関連） → 課税対象（国税庁が明示）
一方で、「被災者生活再建支援金」や「特別定額給付金」など、一部の給付金は支給根拠法令に『非課税』と明記されている場合のみ、課税されません。
たとえば、「被災者生活再建支援金」は、被災者生活再建支援法第21条により租税を課さないことが明示されています。
そのため、補助金は非課税だろうと自己判断で処理してしまうと、税務調査で申告漏れと判断されるリスクが高くなります。
実際、コロナ禍で支給された給付金について、収入計上していなかった個人事業主が多数指摘された事例もあります。
「非課税」「不課税」とは？それぞれの定義と違い
「この補助金は非課税？それとも不課税？」
補助金の税務処理にあたって、多くの方が混乱しやすいのがこの2つの言葉です。
どちらも「税金がかからない」という点では共通していますが、意味も根拠も会計処理もまったく異なります。
税務上のミスや誤解を防ぐためにも、まずは「非課税」と「不課税」の正しい意味を理解しておきましょう。
「非課税」とは（所得税・法人税の視点）
「非課税」とは、法律で明確に「課税しない」と定められている所得のことを指します。
たとえば、以下のようなものが該当します。
児童手当
生活保護費
失業給付
被災者生活再建支援金
特別定額給付金（令和2年度の一律10万円）
これらは、所得税法第9条や個別の法律に基づいて「非課税所得」として明示的に定められたものであり、所得税や法人税の課税対象外です。
確定申告や法人税申告においても、そもそも収入として計上しなくて問題ありません。
ただし注意すべきなのは、あくまで“法令で明記されているものだけが非課税”であるという点です。
逆に言えば、法律に「非課税」と書かれていない補助金や助成金はすべて課税対象となります。
「不課税」とは（消費税の視点）
一方で、「不課税」とはそもそも消費税の課税対象ではない取引のことを指します。
こちらは主に消費税法に基づく用語で、所得税・法人税の「非課税」とはまったく異なる概念です。
不課税取引の代表例は以下の通りです。
補助金や助成金の受取
寄附金の受取
罰金・過料の支払い
たとえば、事業再構築補助金やものづくり補助金などを受け取った場合、それは国や自治体からの支援金であり、何かの「対価」として提供したサービスではありません。
このように、事業としての役務提供や物品販売の「対価性」がない収入は、消費税の課税対象外＝不課税取引とされます。
会計ソフトで仕訳を行う際は、補助金収入に対しては「不課税売上」または「対象外取引」として処理するのが正しい方法です。
非課税・不課税の処理で間違いやすい例
「補助金は非課税なんですよね？」
「じゃあ、消費税も関係ないし、法人税もかからないですよね？」
このように「非課税＝税金が一切かからない」と誤解してしまうケースが非常に多いです。
しかし、実際には次のような間違いが発生しています。
よくある誤解とミス
| 誤解例 | 正しい処理 |
|---|---|
| 補助金はすべて非課税 | 原則課税、例外は法律で明記されている給付金のみ |
| 補助金に消費税は含まれるから申告が必要 | 補助金は「不課税」なので消費税の課税対象外 |
| 不課税取引だから収益にも入れなくてよい | 所得税・法人税では収益計上が必要（原則課税） |
たとえば、補助金は消費税では不課税でも、所得税や法人税では課税対象になります。
また、消費税の課税売上割合の計算では、補助金収入は分母にも分子にも含めない「対象外」として扱います。
補足ポイント
「非課税」は所得税や法人税の文脈
「不課税」は消費税の文脈
同じ「税がかからない」でも、意味も処理もまったく違う
この違いを正しく理解しておかないと、誤って申告漏れや過大申告につながるおそれもあります。
課税対象になる補助金・助成金の具体例
補助金の多くは、「非課税ではないの？」と思われがちですが、実際にはほとんどが所得税・法人税の課税対象です。
ここでは、中小企業や個人事業主が利用する機会の多い補助金・助成金について、どのように課税されるのか、なぜ課税対象となるのかを具体的に見ていきましょう。
事業再構築補助金・ものづくり補助金
課税対象：〇（法人税・所得税）
🔷 対象補助金
事業再構築補助金（中小企業庁）
ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金（中小企業庁）
🔍 なぜ課税されるのか？
これらの補助金は、事業者が新たな設備投資や事業転換を行うための経費の一部を支援するものであり、事業の拡大や生産性向上を目的としています。
そのため、法人の場合は「雑収入」や「営業外収益」として益金に計上され、法人税の課税対象となります。
個人事業主の場合も、「事業所得の総収入金額」として計上し、所得税が課されます。
🧾 根拠・実務基準
法人税法第22条（益金の定義）
所得税法第27条（事業所得）
国税庁「法人が受け取る補助金等の課税関係について」
各補助金の交付要綱にも「収益計上の義務あり」と明記
持続化補助金・IT導入補助金・雇用調整助成金
課税対象：〇（法人税・所得税）
🔷 対象補助金・助成金
小規模事業者持続化補助金（商工会・商工会議所）
IT導入補助金（サービス等生産性向上IT導入支援事業）
雇用調整助成金（厚生労働省）
🔍 なぜ課税されるのか？
これらの補助金・助成金も、販路拡大やIT導入、人件費の補填など、事業活動に関連する支援金です。
いずれも事業に利益をもたらす資金であるため、税務上は「収入＝課税対象」とされます。
特に雇用調整助成金は、従業員に支払った休業手当の補填として支給されますが、企業にとっては経費補填という性質であるため課税対象になります。
🧾 根拠・実務基準
国税庁「法人税基本通達2-1-42」：経費補填型の補助金も収益計上が必要
雇用調整助成金：厚労省Q&A「助成金は課税対象になる」
各補助金交付要綱における「会計処理の指針」
持続化給付金など（コロナ関連も含む）
課税対象：〇（法人税・所得税）※一部例外あり
🔷 対象給付金
持続化給付金（経済産業省）
家賃支援給付金（経済産業省）
月次支援金・事業復活支援金（中小企業庁）
🔍 なぜ課税されるのか？
これらは、新型コロナウイルスによる売上減少や固定費負担の支援として一時的に支給された給付金です。
一見「救済的」な性格を持つため非課税と誤解されがちですが、事業継続のための“利益補填”であるため課税対象となります。
実際、国税庁も公式サイトで「持続化給付金・家賃支援給付金は収入計上が必要で、課税対象になる」と明示しています。
🧾 根拠・実務基準
国税庁FAQ「新型コロナウイルス感染症関連給付金に関する課税関係」
持続化給付金の申請要領：「収入として確定申告等に反映してください」
所得税法上、非課税対象の定義（法第9条）に該当しないため
補足：非課税とされる給付金は「法律で明記されているものだけ」
一方で、特別定額給付金（10万円）や被災者生活再建支援金などは、根拠法により明確に「非課税」と定められているため、課税されません。
つまり、非課税かどうかは「給付金の名称」ではなく「法的根拠」で判断すべきです。
補助金の税務処理の実務ポイント
補助金は、「受け取ったら終わり」ではなく、その後の会計処理や税務申告の方法が非常に重要です。処理を誤ると、申告漏れや追徴課税の対象になる可能性もあります。
ここでは、補助金を受け取ったあとの仕訳処理・計上時期・消費税の扱い・返還リスクなど、実務で押さえるべきポイントを解説します。
仕訳・会計処理の基本（雑収入・事業所得など）
補助金は、上述の通り、原則として収益として計上する必要があります。
法人の場合
勘定科目：「雑収入」または「補助金収入」など
損益計算書の営業外収益や特別利益に計上
事業の収益と区別せず、益金として法人税の課税対象となる
個人事業主の場合
所得区分：「事業所得」として扱う
確定申告書Bの収入金額等に含めて申告する
青色申告決算書にも反映
仕訳例（入金ベースでの一例）
| 借方科目 | 金額 | 貸方科目 | 金額 |
|---|---|---|---|
| 普通預金 | 1,000,000円 | 雑収入（補助金収入） | 1,000,000円 |
補助金で購入した設備は「固定資産」に計上し、減価償却を行います。
補助金との相殺処理（取得価額の減額）は行わず、収益と資産をそれぞれ正しく計上することが原則です。
収益計上のタイミング（交付決定日 or 入金日）
補助金を収益として計上する時期は、原則として「収入すべき権利が確定した日」となります。これは、補助金の性質によって以下のように分かれます。
✅ 一般的な補助金の場合：交付決定日ベース
補助金の交付決定通知書が発行された日をもって、補助金の収入権利が確定したと判断し、その事業年度で収益計上します。
例：3月に交付決定 → 3月決算で収益計上（4月入金でも前期扱い）
✅ 経費補填型の場合：支出（経費）に対応する期でOK
法人税基本通達2-1-42により、支出した費用を補填する目的の補助金（例：雇用調整助成金など）は、その費用を支出した事業年度に対応させて計上しても認められます。
これは、「収益と費用を対応させる会計原則」に基づくもので、実務では以下のように判断されます。
| 補助金のタイプ | 計上時期の原則 |
|---|---|
| 事前に採択された事業系補助金 | 交付決定日ベース |
| 事後に補填される経費型助成金 | 費用支出日に対応する期 |
消費税の処理と「不課税」の区分について
補助金の受取に関して、消費税は原則かかりません。その理由は、補助金が「役務の提供の対価」ではないためです。
会計処理での区分
消費税区分：「対象外」「不課税取引」として処理
会計ソフトでは、「不課税売上」または「対象外」と明示設定
課税売上割合の計算にも含めない
補助金収入は「消費税法上の取引」ではないため、課税売上割合の分母・分子にも含めないことに注意しましょう。
これにより、補助金を受け取っても仕入税額控除の制限を受けることは通常ありません。
仕入税額控除と補助金返還の注意点
補助金を受けて設備などを購入した場合、その購入時に支払った消費税を仕入税額控除できるかどうかが問題となります。
基本的なルール：
課税事業者が補助対象経費を支出し、その分の消費税を仕入税額控除した場合、
補助金に含まれる「消費税相当額」は交付元へ返還する必要があるケースがあります。
これは、国や自治体が補助金で消費税まで補填した形になると、税の二重還付となってしまうためです。
具体例：
補助対象経費：220万円（税込） → 消費税：20万円
補助率1/2 → 補助金：110万円（うち10万円が消費税相当）
→ 事業者がこの仕入税額20万円を控除すると、補助金の消費税相当分（10万円）を返還するよう通知されることがあります。
参考資料：国、地方公共団体や公共・公益法人等と消費税 国税庁
実務ポイント：
自治体や中小企業庁からの「消費税相当額の報告・返還の依頼」に注意
会計処理時には、「補助対象経費に係る消費税は控除できない」想定で処理するケースもある
不明点は必ず補助金交付要綱または補助金窓口に確認を
まとめ｜補助金の課税・非課税・不課税は要注意。正しく理解して処理しよう
今回は補助金の税務処理に関する「課税・非課税・不課税」について解説しました。ポイントは下記の通りです。
補助金の多くは課税対象となる（非課税扱いは例外）
「非課税」と「不課税」は意味も処理方法も異なる
仕訳や計上時期を誤ると申告漏れ・調査リスクがある
消費税との関係や補助金返還ルールも要チェック
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