2026年食品製造業で活用できる補助金を解説｜設備投資・省力化におすすめの制度とは？

食品工場や食品加工業の現場では、老朽化した設備の更新や人手不足への対応、HACCP対応など、多くの課題が山積しています。
特に最近はエネルギー価格や人件費の高騰により、設備投資の負担が重くのしかかり、新規事業や自動化に踏み切れずにいる企業も多いでしょう。加えて、国や自治体の補助金制度は種類が多く、申請の難易度も高いことから「どの制度を使えば良いのか」「自社が対象になるのか分からない」という声が後を絶ちません。

本記事では、食品製造業が活用できる主な補助金を解説し、設備投資や省力化を検討している事業者のために申請のポイントを紹介します。

監修: 駒田 裕次郎（こまだ ゆうじろう）

駒田会計事務所 【コマサポ】代表

【来歴】大手監査法人の経験を活かし、創業支援・補助金支援を中心とする「駒田会計事務所」を東京・渋谷に設立。資金調達や事業計画の作成、税務や経営相談まで顧客に寄り添うきめ細やかなサポートを提供。

【実績】創業融資・補助金の支援実績は、累計3,000件以上（2025年1月末現在）

【所有資格】公認会計士・税理士・認定支援機関

「一人ひとりの起業家の成功を願い、日本の未来を明るくする」をモットーに、日々奔走。

食品製造業で補助金活用が重要な理由

人手不足への対応が急務になっている

食品製造業は他業種と比べて労働集約的な工程が多く、人手不足が深刻です。
製造ラインの要員確保や品質管理のための作業は熟練者の技術に依存している場合も多く、労働力不足が進むと生産量や品質が低下するおそれがあります。
自動包装機や異物検査機、搬送ロボットなどの省力化設備を導入することで、人手不足を解消しつつ生産効率を向上させることができます。

設備投資負担が増加している

最新の自動化設備やIoTシステムは多くのメリットをもたらしますが、導入費用は高額です。
特に食品工場では衛生管理や温度管理など特殊な環境が必要なため、一般的な設備よりも高価になる傾向があります。
補助金を活用することで初期投資額の負担を軽減し、老朽設備の入れ替えや新規設備導入のハードルを下げることができます。

補助金を活用するメリット

補助金を活用すると、自己資金だけでは実現が難しかった大型投資を実行に移せます。
省力化投資補助金の目的は「人手不足に悩む中小企業等が付加価値額や生産性向上、賃上げにつながる省力化投資を行うこと」です。
補助金を受けるための事業計画策定や申請手続きには手間がかかりますが、採択されれば投資の回収期間が短縮され、競争力強化と賃上げに直結します。

食品製造業で活用できる主な補助金

中小企業省力化投資補助金

中小企業省力化投資補助金は、IoT・ロボット等の省力化設備の導入を支援する制度です。カタログ注文型と一般型の2種類があり、食品製造業では特に一般型の活用が有効です。

補助対象経費

一般型では、単価50万円以上の機械装置・システム構築費が必須経費です。
そのほか、建物費やソフトウェア費、専門家経費なども対象になります。食品工場で対象となる設備の例として次のようなものがあります。

• 自動包装機：多様な包装形態に対応し、省人化と衛生管理を両立。
• ラベル貼付機：商品ラベルを高速で貼付し、手作業によるミスを防止。
• 異物検査機：金属探知やX線検査により品質を保証。
• 自動計量機：原料や製品の重量を自動で計測し、計量作業を効率化。
• 冷凍・冷蔵設備：急速冷凍機や冷蔵庫などHACCP対応の温度管理設備。
• 搬送ロボット：自動搬送車（AGV/AMR）により搬送作業を自動化。

補助率・補助上限額

一般型の補助上限額は従業員数に応じて変動します。
従業員21～50人の場合は3,000万円（大幅賃上げを行う場合は4,000万円）、51～100人は5,000万円（同6,500万円）、101人以上では8,000万円（同1億円）。
補助率は中小企業1/2（大幅な賃上げを行う場合は2/3）、小規模企業者・再生事業者は2/3となります。

カタログ注文型はカタログに掲載された汎用製品を導入する制度で、従業員5人以下が200万円（賃上げ達成で300万円）、6～20人が500万円（同750万円）、21人以上が1,000万円（同1,500万円）で補助率は1/2です。
人手不足に効果がある製品を選ぶだけで申請できるため、導入が比較的簡単ですが、導入できる製品がカタログに限られます。

食品製造業の活用例

採択事例では、ジャム工場がマルチキャッパー複合機を導入し、瓶詰め工程の省力化と生産性向上を実現しています。
またポップコーン製造業者が自動梱包装置を導入して増産体制を確立した事例や、レトルト食品加工業者がロボットや包装機を導入して重労働部分を自動化した事例もあります。
これらは、省力化設備の導入により人手不足を解消し、製造効率と安全性を高めた点が評価されたと考えられます。

ものづくり補助金

ものづくり補助金（正式名：ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金）は、革新的な製品やサービスの開発、生産プロセスの改善を支援する制度です。
食品製造業でも新商品開発や高付加価値化設備の導入に活用できます。

補助上限・補助率

製品・サービス高付加価値化枠の補助上限は、従業員5人以下で750万円、6～20人で1,000万円、21～50人で1,500万円、51人以上で2,500万円。
補助率は中小企業1/2、小規模企業・再生事業者2/3です。大幅な賃上げに取り組む事業者には補助上限額を100～1,000万円上乗せし、最低賃金引上げに取り組む事業者には補助率を2/3に引き上げる特例があります。

補助対象経費

補助対象経費の中心は機械装置・システム構築費です。
食品工場では、革新的な成型機や品質検査システムの導入、デジタル技術を活用した製造ライン構築などに使えます。
生産プロセスの改善とともに新たな価値を生み出す製品開発が求められるため、単なる設備更新ではなく高付加価値化につながる計画が必要です。

小規模事業者持続化補助金

小規模事業者持続化補助金は、販路開拓や業務効率化を支援する制度で、従業員5人以下の食品加工事業者や地域菓子店などが対象となります。
看板やチラシ作成、ECサイト構築など販路拡大に関する経費のほか、小規模な設備導入も認められます。

補助上限・補助率

通常枠の補助上限は50万円で、特例を活用すれば最大250万円まで引き上げ可能です。補助率は2/3で、賃金引上げ特例を利用する赤字事業者は補助率が3/4に引き上げられます。インボイス特例に該当する場合は上限が50万円上乗せとなり、賃金引上げ特例では150万円上乗せされます。

主な対象経費

補助対象経費にはチラシやパンフレット作成費、展示会出展費、ECサイト制作費のほか、機械装置等費やソフトウェア費も含まれます。
例えば、地域限定の商品を全国に販路展開するためのオンライン販売システム構築や、試作品開発のための小型包装機導入などが対象となり、販売拡大を目指す食品メーカーに適しています。

各自治体の補助金制度

国の補助金に加え、自治体独自の補助金・助成金も多数あります。
例えば、省エネ機器導入補助金や設備投資助成制度など、自治体ごとに対象業種や補助率が異なります。
食品製造業向けの設備導入支援やHACCP対応設備補助金が設けられている自治体もあり、国の制度と併用できる場合があります。最新情報は各自治体の公式サイトや商工会議所で確認しましょう。

食品製造業では中小企業省力化投資補助金がおすすめ

なぜ省力化投資補助金が有力なのか

食品製造業の現場では、製造ラインの構築や包装工程などに独自の機器やシステムが必要なケースが多く、カタログ注文型では適合しない場合があります。
一般型ではカスタマイズした設備導入やソフトウェア開発など多様な投資が対象となり、従業員規模に応じた高額な補助上限が設定されています。
食品工場が抱える人手不足・省人化の課題を解決しながら、生産性と付加価値を高めるためには、柔軟性の高い一般型が有力です。

対象となる設備例

自動包装機

包装機は食品の種類や形状に合わせて袋詰め・箱詰め・真空包装などを行う設備です。自動化により作業者の負担を減らし、包装精度を向上させます。
食品工場では、パックご飯や菓子類、冷凍食品の包装に導入され、省力化と衛生面の強化を実現しています。

ラベル貼付機

ラベル貼付機はパッケージに製品名や賞味期限、アレルギー表示等を高速で貼付できるため、手作業によるミスや人手不足を解消します。
さらに自動印字機能付きの機種を選べば、製造日時やロット番号の印字も自動で行えます。

異物検査機

金属探知機やX線検査装置は、食品に混入する異物を検出し品質を守る設備です。
顧客の安全を守るだけでなく、異物混入によるリコールリスクを低減し、HACCP対応にも貢献します。

自動計量機

粉末や液体、固形物を正確に計量する設備です。
製品規格を満たすために欠かせない装置であり、自動計量により歩留まりを向上させ、作業時間を短縮します。

冷凍・冷蔵設備

急速冷凍機や高性能冷蔵庫など、温度管理機能の高い設備を導入することで、食品の品質や安全性を向上させます。
HACCP対応のための温度監視システムや省エネ効果が高い装置を選定すると、光熱費の削減にもつながります。

搬送ロボット

自動搬送車（AGVやAMR）は、工場内の原材料や製品の搬送を無人で行うロボットです。搬送時間を短縮し、人手をより付加価値の高い作業に振り向けられます。安全センサーを備えた機種を選ぶことで、作業者との共存も可能です。

食品製造業の採択事例から見る成功のポイント

独立行政法人中小企業基盤整備機構が公表している採択結果には、食品製造業の成功事例が多数含まれています。

• 瓶詰め製造ラインで省力化を実現した事例：ジャム工場では、瓶に蓋をする工程を担うマルチキャッパー複合機を導入し、省人化と生産効率の向上を図りました。従業員の負担が軽減され、商品の製造数量が増加した点が評価されたと推察されます。
• ポップコーン製造業者の自動梱包装置導入：自動梱包装置の導入により、包装工程の省力化と生産能力の拡大を実現しました。梱包と包装のスピードが大幅に向上し、人手不足の解消と出荷量増加につながったことが採択の要因と考えられます。
• レトルト食品加工の自動化事例：レトルト食品加工業者は、重労働部分をロボットに置き換え、品質管理システムを導入しました。作業員の負担軽減と生産ライン全体の効率化が評価され、採択に至ったと推測されます。

これらの事例では、「人手不足の解消」「生産性向上」「付加価値向上」が明確なキーワードとなっています。省力化設備の導入によって労働環境が改善され、賃上げや新事業に挑戦する余力が生まれた点が採択のポイントといえるでしょう。

採択されにくい食品製造業の申請例

単なる設備更新

老朽化した設備の単純な入れ替えだけでは省力化や付加価値向上の効果が見えにくく、採択されにくい傾向にあります。
例えば、同等性能の包装機への更新だけでは「投資効果が限定的」と判断されるおそれがあります。

生産性向上効果が不明確

申請書に具体的な数値目標や成果指標が盛り込まれていないと、審査担当者は投資効果を評価できません。労働時間の削減率や生産量増加見込みなど定量的な指標を提示することが重要です。

数値計画が甘い

労働生産性や賃上げの計画値が現実的でない場合、返還リスクがあると判断され、採択から外れる可能性があります。無理のない計画を設定し、達成の裏付けとなるデータを示しましょう。

賃上げ計画との整合性がない

省力化投資補助金やものづくり補助金は賃上げを前提とした制度です。設備投資による利益をどのように賃金へ反映するかを示すことが求められます。賃上げの実行計画や資金繰りのシミュレーションを提示しましょう。

導入後の運用計画が曖昧

設備を導入した後の運用体制やメンテナンス計画が不十分だと、「設備を使いこなせないのではないか」という懸念から採択されにくくなります。
誰がどのように運用し、どのような体制で管理するかを明確に記載しましょう。

補助金申請は専門家への相談がおすすめ

採択率に差が出る理由

補助金の審査は公募要領に基づき行われ、事業計画書や見積書の品質によって採択率が大きく変わります。申請書の書き方や計画の構成には独特のコツがあり、専門家に依頼することで採択率を高めることができます。
また、採択後の交付申請や実績報告など事務手続きも多く、専門家のサポートにより事務負担を軽減できます。

事業計画書が重要な理由

補助金制度の多くは、付加価値額や賃上げなど数値目標の達成を求めています。
専門家は財務・税務の観点から現実的な計画値を設定し、返還リスクを避けるシミュレーションを行います。特に食品製造業では原価計算や設備の償却スケジュール、衛生管理費用など特殊な費用要素があるため、専門的な知識が不可欠です。

駒田会計事務所のサポート内容

駒田会計事務所は補助金申請の専門家として、事業計画の策定から申請書作成、採択後の交付申請や実績報告までワンストップで支援します。
公認会計士・税理士が在籍しており、資金繰りや税務の視点を踏まえたアドバイスが強みです。採択実績や実務経験が豊富であり、食品製造業における設備投資や自動化支援のノウハウも蓄積しています。

全国対応が可能

駒田会計事務所は東京を拠点としつつオンライン面談を活用して全国の中小企業を支援しています。地方の食品工場でも相談が可能で、補助金以外の資金調達や経営改善まで幅広く対応します。

無料相談の流れ

初回相談は無料で、電話やウェブフォームから申し込めます。
ヒアリングで事業内容や課題、設備投資の計画を伺い、適切な補助金制度や申請戦略を提案します。申請を進める場合は、事業計画書の作成や見積取得、申請書の提出までトータルでサポートします。

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まとめ：食品製造業の補助金活用は早めの準備が重要

今回は食品製造業で活用できる補助金についてまとめてきました。ポイントは下記の通り。

• 食品製造業では、人手不足・設備老朽化・HACCP対応などの課題があり、補助金を活用した設備投資が有効です。
• 中小企業省力化投資補助金は、省力化設備や自動化設備の導入と相性がよく、食品工場の設備投資に活用しやすい制度です。
• ものづくり補助金は、新商品開発や生産プロセスの改善に向いており、単なる設備更新ではなく高付加価値化につながる計画が重要です。
• 小規模事業者持続化補助金は、販路開拓や小規模な設備導入に活用しやすく、地域の食品加工事業者や小規模メーカーにも適しています。
• 補助金申請では、対象経費の確認、事業計画書の作成、数値計画、賃上げ要件への対応が重要になるため、不安がある場合は専門家への相談がおすすめです。

駒田会計事務所では、食品製造業の設備投資や省力化投資に関する補助金申請をサポートしています。自社が対象になるか分からない場合でも、まずはお気軽にご相談ください。