補助金の仕訳方法を徹底解説！交付決定・入金・決算時の会計処理

「補助金が入金されたけれど、雑収入で処理すればいい？」「交付決定された時点で仕訳が必要？」と迷っていませんか。

決算までに入金されない場合の対応や、設備投資に使った補助金と固定資産の関係、法人税・消費税の扱いも気になるところです。

補助金の会計処理は、入金日に雑収入を計上するだけで済むとは限りません。交付決定、事業実施、金額確定、入金、決算日の関係から判断します。

この記事では、仕訳の基本から決算、減価償却・圧縮記帳まで具体例で解説します。

監修: 駒田 裕次郎（こまだ ゆうじろう）

駒田会計事務所 【コマサポ】代表

【来歴】大手監査法人の経験を活かし、創業支援・補助金支援を中心とする「駒田会計事務所」を東京・渋谷に設立。資金調達や事業計画の作成、税務や経営相談まで顧客に寄り添うきめ細やかなサポートを提供。

【実績】創業融資・補助金の支援実績は、累計3,000件以上（2025年1月末現在）

【所有資格】公認会計士・税理士・認定支援機関

「一人ひとりの起業家の成功を願い、日本の未来を明るくする」をモットーに、日々奔走。

補助金を受け取ったときの仕訳・会計処理の基本

補助金は「雑収入」などで処理するケースが一般的です。ただし、勘定科目と計上時期は別の問題です。権利や金額の確定状況によって、入金前でも収益を計上します。

補助金の勘定科目は「雑収入」が一般的

雑収入は、本業の売上以外の収入を記録する科目です。国税庁も個人事業の申告案内で、事業に関連する助成金等のうち非課税とされないものを雑収入に含めると説明しています。（参照：国税庁「雑収入とは」）

【補助金100万円を入金時に収益計上する例】

借方：普通預金　1,000,000円
貸方：雑収入　　1,000,000円

借方は仕訳の左側、貸方は右側です。預金の増加と収入の発生を記録しています。

これは、その時点で収益計上でき、過去に計上していない場合の例です。

「補助金収入」「受取補助金」などの科目を設ける場合もあります。法人では設備取得に伴う重要な補助金を特別利益（臨時的な重要な利益）に表示するなど、内容・重要性・会計方針によって区分を検討します。（参照：国税庁「圧縮記帳に関する会計処理及び表示について」）

補助金は売上高として処理するのか

通常の補助金は商品・サービスの代金ではないため、本業の売上と分けます。混在させると、本業の収益力を読み違えやすくなります。

ただし、名称が補助金でも実質がサービスの対価である場合などは別途判断します。また、個人の青色申告決算書では、雑収入も「売上（収入）金額」に含めて集計されます。帳簿の科目と申告書の集計欄を混同しないことが大切です。

補助金の仕訳タイミングはいつ？交付決定・金額確定・入金の違い

判断の中心は、補助金を受け取る権利がいつ確定するかです。入金日や通知書名だけでは決められません。

設備投資型補助金の代表的な流れは次のとおりです。手続き・順序は制度で異なります。（参照：中小企業庁「補助金とは」）

申請 → 採択 → 交付申請 → 交付決定 → 補助事業実施 → 実績報告 → 確定検査 → 補助金額確定 → 請求 → 入金

採択された段階：通常は補助金収入の仕訳をしない

採択は事業計画が選ばれた段階で、採択額の受給が確定したわけではありません。

その後に交付申請や事業実施が必要な制度では、通常、採択時の補助金収入の仕訳は不要です。制度上の採択の意味を確認してください。

交付決定された段階：交付条件と事業の進捗で判断

交付決定は、審査により補助対象事業や交付条件を決める手続きです。事業開始前の交付決定額は、最終受取額とは異なる場合があります。

したがって、「交付決定されたから全額を雑収入」「金額確定通知がないから一切計上しない」のどちらも一律には判断できません。事業の完了状況、条件の充足、金額の確定状況を確認します。

国税庁にも、交付決定・交付額確定により受給権が確定した年度に、全額を益金（法人税計算上の収入等）とする回答事例があります。具体的な事実関係が重要です。（参照：国税庁「固定資産の取得後に国庫補助金等を分割して受けた場合の取扱い」）

補助金額が確定した段階：未入金なら未収入金を検討

受給する権利と金額が確定し、収益計上すべき時期になっていれば、入金前でも「未収入金」を使います。未収入金とは、まだ受け取っていない金銭債権のことです。

【100万円の受給が確定し、後日入金される例】

借方：未収入金　1,000,000円
貸方：雑収入　　1,000,000円

国税庁の酒類業関係の公募要領では、額確定通知書の文書日付を収入計上時期としています。他制度にも同じ基準を適用できるとは限りません。（参照：国税庁「酒類業関係の公募要領」）

補助金が入金された段階：二重計上を防ぐ

未収入金を計上済みなら、入金時はその債権を消します。

【未収入金として計上した100万円の入金時】

借方：普通預金　1,000,000円
貸方：未収入金　1,000,000円

再び雑収入にすると、二重計上になります。

入金時に初めて収益計上する場合は「普通預金／雑収入」を使います。過年度の計上漏れには注意してください。条件未達で先払いされる概算払では、仮受金として一時的に預かる処理なども検討し、入金だけで収益としません。

補助金が決算をまたぐ場合の仕訳方法

決算では、決算日現在で受給する権利がどこまで確定していたかを確認します。入金予定だけで判断すると、収益の年度がずれるおそれがあります。

決算前後の4パターンを比較

表は判断の目安です。会計上の収益と法人税上の益金の時期が異なる場合には、税務申告で調整することがあります。

3月決算・5月入金の具体例

3月20日に100万円の受給する権利・金額が確定し、5月10日に入金されるケースを考えます。

• 3月20日：「未収入金100万円／雑収入100万円」を計上。
• 3月31日：未収入金100万円を決算書に残す。既に計上済みなら追加仕訳は不要。
• 5月10日：「普通預金100万円／未収入金100万円」で入金を処理。

一方、3月末時点で受給する権利が確定せず、見積計上を求める扱いも適用されないなら、交付決定額をそのまま未収入金にしません。個人事業主は通常、12月31日時点で同様の確認を行います。

一部の助成金は金額確定前でも見積計上が必要

法人税基本通達2－1－42では、休業手当・賃金・職業訓練費などを補填する一定の給付金等について、対象となる事実があった年度に金額を見積もって益金算入する扱いを示しています。一方、雇用改善等に伴う一定の奨励金は支給決定年度の扱いです。（参照：国税庁「法人税基本通達2－1－42」）

設備投資型補助金の例を、雇用関係の助成金に一律適用できません。決算前に交付規程や通知書を確認しましょう。

補助金に法人税はかかる？税金と利益への影響

営利法人の補助金は原則、法人税計算上の「益金」に含まれます。益金とは、税務上の所得計算に加える収入などです。売上高に計上しなくても課税対象になります。（参照：国税庁「酒類業関係の公募要領」）

個人事業主も、事業関連の補助金は原則、事業所得等の収入になります。法律で非課税とされる給付や特例は別途確認します。（参照：国税庁「事業用機械装置に対する国庫補助金等の所得区分」）

設備1,000万円を購入し、補助金500万円を収益計上したとします。設備は通常、全額を一度に経費にせず、使用期間に分けて「減価償却費」にします。

仮に当期の減価償却費が200万円なら、圧縮記帳などを使わない場合、この取引による損益への影響は次のとおりです。

補助金収入500万円－減価償却費200万円＝利益へのプラス影響300万円

設備代の支払で資金が減っていても、利益が増える場合があります。税額は他の損益や税務調整も含めて計算します。

補助金に消費税はかかる？補助対象経費とは分けて考える

補助金そのものは一般的に「不課税」

通常の補助金は商品・サービスの対価ではなく、一般的に消費税の課税対象外です。国税庁は「不課税」の例としています。（参照：国税庁「課税の対象とならないもの（不課税）の具体例」）

「非課税」は、土地の譲渡など、課税対象となる性質の取引を法律で課税しない扱いです。「不課税」とは区別され、課税売上割合の計算も異なります。会計ソフトでは通常、補助金収入に「対象外」「不課税」などの適切な税区分を選びます。（参照：国税庁「非課税と不課税の違い」）

設備代の消費税・仕入税額控除・返還は別の問題

補助金収入が不課税でも、購入した設備代に消費税がかからなくなるわけではありません。

仕入税額控除は、売上の消費税から仕入れ等の消費税を一定の条件で差し引く仕組みです。補助金の対象経費に含めた消費税について控除を受けると、制度上、補助金の一部を返還する場合があります。中小企業省力化投資補助金の交付規程にも、消費税等仕入控除税額の報告・返還に関する規定があります。（参照：中小企業省力化投資補助金「交付規程」第21条）

申請時から消費税を除外する制度もあり、免税事業者・簡易課税の扱いも一律ではありません。自社の課税方式と交付規程を確認してください。

設備投資に補助金を使った場合の仕訳・減価償却

固定資産は原則として補助金を差し引く前の取得価額で計上

長く使う設備などは「固定資産」として扱います。機械装置1,000万円、補助金500万円、実質自己負担500万円の例です。消費税の仕訳は省略し、付随費用はないものとします。

【機械を購入し、代金を支払ったとき】

借方：機械装置　10,000,000円
貸方：普通預金　10,000,000円

【補助金500万円の収益計上要件を満たしたとき】

借方：未収入金　5,000,000円
貸方：補助金収入　5,000,000円

入金時は「普通預金500万円／未収入金500万円」です。後払いでは設備代1,000万円等の立替資金が必要です。

自己負担が500万円でも、それだけを機械の取得価額とするわけではありません。まず設備取得と補助金収入を分け、圧縮記帳を適用する場合に所定の調整を行います。

補助金をもらっても減価償却は必要

機械の取得費は、原則として事業で使い始めてから、耐用年数などに応じて配分します。これが減価償却です。補助金の受給は、設備を全額経費にできる理由にはなりません。（参照：国税庁「減価償却のあらまし」）

仮に耐用年数5年・定額法（毎年一定額を償却）・通年使用なら、圧縮前の年間減価償却費は概ね200万円です。実務では資産区分、償却方法、使用月数、最終年度の残額などを確認します。

補助金の圧縮記帳とは？適用条件と仕訳

圧縮記帳は課税を繰り延べる仕組み

圧縮記帳は、一定の補助金で取得した固定資産の税務上の価額を減額する等の方法で、当期の課税負担を調整する制度です。永久免税ではありません。

法人では、主に次の事項を確認します。

• 固定資産の取得・改良を目的とする国・自治体の補助金など、税法上の国庫補助金等か。
• 交付目的に合う資産を取得・改良し、対象となる金額を特定できるか。
• 適用年度の期末までに、対象補助金の返還を要しないことが確定しているか。
• 所定の経理処理と、確定申告書への明細記載等を行っているか。

一般的な条件違反時の返還条項があるだけで、適用できなくなるわけではありません。また、事務局等を通じた間接交付も、実質や要件によって対象になります。人件費や広告費を補填する補助金に一律に使える制度ではありません。（参照：国税庁「国庫補助金等で取得した資産の圧縮記帳」、国税庁「間接交付された補助金で取得した固定資産の圧縮記帳」、国税庁「別表十三（一）の記載の仕方」令和8年分）

補助金500万円を直接減額方式で圧縮する例

先ほどの機械について、同一年度に必要な要件を満たし、500万円全額が圧縮可能で、償却前に直接減額する例です。

【圧縮記帳を行う場合】

借方：固定資産圧縮損　5,000,000円
貸方：機械装置　　　　5,000,000円

圧縮損は資産の帳簿価額を引き下げる損失です。補助金収入500万円に対応する圧縮損を計上し、機械の価額は500万円になります。（参照：国税庁「圧縮記帳に関する会計処理及び表示について」）

5年・定額法で通年使用するなら年間償却費は概ね100万円で、圧縮しない場合の概ね200万円より少なくなります。当期の課税を抑える一方、将来に計上できる減価償却費も減るため、課税の繰延べといわれます。

資産を直接減額しない積立金方式や、設備取得と受給が別年度の場合は処理が異なります。利益の見込みや資金繰りも含め、決算前に検討しましょう。

個人事業主は「総収入金額不算入」の特例を確認

個人には法人の圧縮損の仕訳をそのまま当てはめません。要件を満たす国庫補助金等を、所得税の総収入金額に含めない特例があります。

適用時は固定資産の取得費も調整し、その金額を基礎に減価償却します。確定申告では「国庫補助金等の総収入金額不算入に関する明細書」など、必要な手続きを確認してください。（参照：国税庁「国庫補助金等を受け取ったとき」）

詳しくは、補助金の圧縮記帳とは？仕組み・仕訳・適用条件をわかりやすく解説もご覧ください。

補助金の仕訳でよくある間違い

採択された時点で全額を雑収入にする

採択額を確定額と誤解しやすいためです。採択は通常、受給までの途中段階なので、交付条件や手続きを確認して計上します。

入金されるまで何も処理しない

通帳だけで記帳すると起こりがちです。収益計上すべき時期が先に来る場合は未収入金等が必要になるため、決算時に未入金の補助金を一覧にしましょう。

補助金を本業の売上高に混ぜる

事業で得たお金をすべて売上と考えると混同します。通常の補助金は雑収入等で分け、個人の申告書での集計とは区別して管理します。

消費税がかからないから法人税もかからないと思う

「税金がかからない」という説明の対象税目を取り違えるためです。消費税の不課税と法人税の益金算入は別に判断し、納税見込みにも反映します。

補助金で購入した設備を全額経費にする

設備への支出と費用を同じものと考えると起こります。固定資産計上・減価償却が基本なので、購入明細と使用開始日を固定資産台帳に記録します。

補助対象経費の消費税処理を確認しない

補助金収入の税区分だけ確認して終えてしまうケースです。購入側の仕入税額控除と補助金の返還規定も確認し、必要な報告を管理します。

圧縮記帳を知らずに決算を確定する

入金処理だけに目が向くと、特例の検討が遅れます。適用要件や経理処理を確認する必要があるため、設備投資型の補助金は決算前に税理士へ共有しましょう。

補助金の仕訳は専門家へ相談した方がよいケース

単純な入金仕訳は自社で対応できる場合もあります。一方、次の場合は決算・申告まで含めた専門家の確認が有効です。

• 決算期をまたぐ、または補助金額が大きい。
• 設備投資を伴い、圧縮記帳を検討している。
• 消費税処理が複雑、または複数の補助金を利用している。
• 交付決定額と最終確定額が異なる。
• 補助金の返還が見込まれる。

相談時は、公募要領・交付規程、通知書、実績報告書、請求書・支払記録を用意しましょう。

補助金の申請・会計処理なら駒田会計事務所へご相談ください

補助金は採択後の実績報告、会計処理、税務申告まで見据えることが大切です。申請時から投資額・収益見通し・入金予定を整理すれば、資金繰りも検討できます。

駒田会計事務所が運営する「コマサポ」では、補助金申請や事業計画を含む申請準備を支援しています。税務・会計・財務の相談にも対応し、Zoom等による全国からの相談が可能です。（参照：駒田会計事務所「会計事務所紹介」、コマサポ公式サイト「申請サポート・税務会計サービス」）

決算や税金への影響も確認したい方は、補助金名、決算月、投資予定額を添えてご相談ください。支援範囲や費用も併せてご確認いただけます。

駒田会計事務所へ補助金申請・会計処理について相談する

補助金の仕訳に関するよくある質問

補助金は何の勘定科目で仕訳しますか？

「雑収入」「補助金収入」などを使います。未入金で収益計上する場合は、相手科目に「未収入金」などを使用します。

補助金は雑収入で処理して問題ありませんか？

一般的な処理ですが、内容・重要性・会計方針で異なります。科目だけでなく、計上時期と消費税区分も確認してください。

補助金は交付決定時に仕訳しますか？

交付決定時に必ず収益計上するわけではありません。受給する権利や金額、事業の進捗、制度ごとの扱いから判断します。

補助金が決算までに入金されない場合はどうしますか？

当期に収益計上すべきものは、未収入金等を計上します。未入金という理由だけで翌期の収益にはできません。

補助金には法人税がかかりますか？

一般的な営利法人では、原則として益金に含まれます。実際の税額は他の損益や圧縮記帳等の適用を含めて計算します。

補助金には消費税がかかりますか？

通常の補助金自体は、対価性がないため原則不課税です。ただし、補助対象経費の仕入税額控除や返還の確認は別途必要です。

補助金で購入した設備は減価償却しますか？

機械などの減価償却資産は、原則として減価償却します。圧縮記帳等を適用すると、償却の基礎となる金額が変わります。

圧縮記帳をした方がよいですか？

適用要件と今後の利益・資金繰り次第です。当期の課税を調整できる一方、将来の減価償却費等にも影響するため、比較して判断します。

まとめ｜補助金は入金だけでなく決算・税務まで考えて仕訳しよう

今回は、補助金の仕訳方法や交付決定・入金・決算時の会計処理についてまとめてきました。ポイントは下記の通りです。

• 補助金は、雑収入や補助金収入などで処理するケースが一般的です。
• 収益計上時期は入金日だけでなく、権利の確定や制度上の扱いで判断します。
• 決算をまたぐ場合は、未収入金や見積計上の要否を確認します。
• 設備投資型の補助金は、固定資産・減価償却・圧縮記帳も検討します。
• 判断に迷う場合は、決算前に税理士・会計事務所へ相談すると整理しやすくなります。

補助金申請と、その後の会計・税務処理をまとめて確認したい方は、駒田会計事務所へご相談ください。

※本記事は2026年9月27日時点の公的資料等に基づく一般的な解説です。取引・補助金制度によって処理が異なる場合があります。実際の決算・税務申告は税理士等の専門家へご確認ください。